Papież Franciszek od początku wojny na Ukrainie, czyli od 24 lutego 2022 roku, starał się doprowadzić do negocjacji pokojowych. Już 25 lutego, poza protokołem, złożył wizytę w ambasadzie Rosji przy Stolicy Apostolskiej, gdzie wyraził zaniepokojenie wojną. Zaapelował wówczas o otoczenie troską dzieci, chorych i wszystkich cierpiących.
Papież Franciszek wielokrotnie publicznie potępiał wojnę, nazywając ją „barbarzyństwem”, którego największymi ofiarami są zwykli ludzie, zwłaszcza kobiety, dzieci, osoby starsze i chore. „Powtarzam: niech zamilknie broń! Bóg jest z budowniczymi pokoju, nie z tym, kto używa przemocy” – oświadczył 27 lutego 2022 r. Wołanie o pokój powracało w papieskich przemówieniach w kolejnych miesiącach.
Często podkreślał, że „wojna jest porażką ludzkości”. Apelował także do wspólnoty międzynarodowej, „aby zaangażowała się w położenie kresu tej odrażającej wojnie”. Podnoszenie wydatków na zbrojenia do 2 procent PKB nazwał „szaleństwem”. „Prawdziwą odpowiedzią nie jest – więcej broni, następne sankcje i sojusze polityczno-militarne, ale inny sposób zarządzania światem; nie przez pokazywanie zębów” – powiedział papież 24 marca 2022 r. podczas audiencji.
Pierwszą dużą falę negatywnych komentarzy wywołał wywiad Franciszka w maju 2022 r. dla włoskiego dziennika „Corriere della Sera”. Powiedział w nim, że jednym z możliwych powodów rosyjskiej napaści na Ukrainę i postawy Putina mogło być „szczekanie pod drzwiami Rosji przez NATO”. „To złość; nie wiem, czy została sprowokowana, ale może tak ułatwiona” – miał powiedzieć papież.
Wyznał również, że nie potrafi odpowiedzieć na pytanie, czy słuszne jest dostarczanie broni Ukraińcom. „Nie umiem odpowiedzieć, jestem za daleko” – ocenił. „Jasną rzeczą jest to, że na tej ziemi wypróbowywana jest broń. Rosjanie wiedzą teraz, że czołgi na niewiele się zdają i myślą o innych rodzajach broni. Wojny prowadzi się po to, by wypróbować broń, jaką wyprodukowaliśmy” – powiedział papież.
W mediach posądzono go wówczas o naiwność, nieprzygotowanie i infantylizm polityczny. Poza tym, mimo zaproszeń kierowanych zarówno ze strony władz Ukrainy, jak i duchownych w tym kraju, swoją wizytę w Kijowie papież uzależnił od spotkania z prezydentem Rosji. „Do Kijowa na razie nie jadę. (…) Najpierw muszę pojechać do Moskwy, muszę spotkać się z Putinem” – powiedział w wywiadzie.
Władze w Kijowie oceniły te słowa papieża jako „wpisujące się w narrację rosyjskich władz”. Mimo to Watykan cały czas prowadził rozmowy dyplomatyczne mające zakończyć wojnę w Ukrainie. Papież w swojej retoryce stosował symetryzm, starał się znaleźć równowagę między, z jednej strony troską o los Ukraińców i potępieniem wojny, a z drugiej strony – utrzymaniem szansy na dialog z Rosją.
Według watykanisty dr hab. Arkadiusza Stempina, perspektywa Franciszka wynikała przede wszystkim z „postrzegania wojny jako zjawiska z kategorii absolutnego zła, któremu trzeba koniecznie zapobiec. Bez niuansowania, kto w wojnie jest agresorem, kto ofiarą”. Publiczną krytykę papieża wywołały także jego słowa z sierpnia 2022 r. po zabiciu w zamachu Darii Duginy, córki Aleksandra Dugina – ideologa Kremla i współpracownika Putina.
„Myślę o tej biednej dziewczynie, wysadzonej w powietrze z powodu bomby pod siedzeniem samochodu. Niewinni płacą za wojnę, niewinni. Pomyślmy o tej rzeczywistości. I powiedzmy sobie: wojna jest szaleństwem. A ci, którzy zarabiają na wojnie, na handlu bronią, to przestępcy. Oni mordują ludzkość” – zaznaczył papież.
Do przerwania przemocy w Ukrainie Franciszek wezwał Władimira Putina dopiero w październiku 2022 r., a w listopadzie w wywiadzie dla belgijskich mediów stwierdził, że agresji na Ukrainę dokonała Rosja. Ocenił jednak, że winnymi wojny nie są Rosjanie, tylko handlarze bronią i najemnicy, „którzy traktuje tę wojnę jako przygodę”.
„Wolę myśleć o tym w ten sposób, bo mam wielki szacunek do narodu rosyjskiego, do humanizmu. Wystarczy wspomnieć o Dostojewskim, który do dziś nas inspiruje. Inspiruje chrześcijan do myślenia o chrześcijaństwie” – powiedział papież cytowany przez serwis Vatican News. Podkreślił też, że „ma wielką sympatię do narodu rosyjskiego i wielki sentyment do narodu ukraińskiego”.
W listopadzie 2022 r., w związku z brakiem jednoznacznego stanowiska Watykanu w sprawie wojny w Ukrainie, które odbierane było przez opinię publiczną jako niechęć do bezpośredniego krytykowania Rosji za jej agresję, papież w wywiadzie dla jezuickiego pisma „America” wyjaśnił, że nie wymienia z nazwiska prezydenta Rosji Władimira Putina, bo nie jest to konieczne. „Czasem staram się nie precyzować, by nie obrażać, ale raczej generalnie potępić, chociaż dobrze wiadomo, kogo ja potępiam” – stwierdził.
W wywiadzie padły również słowa, że „najbardziej okrutni są może ci z Rosji, ale nie z rosyjskiej tradycji, jak Czeczeni, Buriaci i tak dalej”. Moskwa twierdziła potem, że Stolica Apostolska przeprosiła za te słowa. Jednak rzecznik Watykanu Matteo Bruni 15 grudnia 2022 r. przyznał jedynie, że w związku z wypowiedzią papieża doszło do „kontaktów dyplomatycznych” ze stroną rosyjską.
Franciszek również w marcu 2023 r., w wywiadzie dla dwutygodnika „Tertio” oraz portalu episkopatu Belgii „CathoBel”, nie opowiedział się jednoznacznie ani po stronie Ukraińców, ani Rosjan. „Jest to dla mnie bardzo bolesne i nie mogę wybrać, po której mam być stronie. Wojna sama w sobie jest złem” – powiedział.
Jednocześnie papież regularnie przyjmował w Watykanie wysłanników prezydenta Ukrainy Wołodymyra Zełenskiego. Sam prezydent spotkał się z Franciszkiem dopiero 13 maja 2023 r. Tematem rozmowy była sytuacja humanitarna i polityczna spowodowana wojną.
Kolejne kontrowersje wzbudziła wypowiedź papieża z 25 sierpnia 2023 r., skierowana tym razem do ok. 400 młodych zgromadzonych na Ogólnorosyjskim Spotkaniu Młodzieży Katolickiej w Petersburgu. Podczas telemostu w improwizowanym przemówieniu Franciszek zachęcił ich, aby nie zapominali nigdy o swoim dziedzictwie. „Jesteście dziećmi wielkiej Rosji; wielkiej Rosji świętych, króla, wielkiej Rosji Piotra I, Katarzyny II, tego wielkiego imperium, o tak wielkiej kulturze i wielkim człowieczeństwie. Nie rezygnujcie nigdy z tego dziedzictwa. Jesteście spadkobiercami Matki Rosji, idźcie z nią naprzód. I dziękuję wam za wasz sposób bycia, za sposób, w jaki jesteście Rosjanami” – powiedział papież.
Falę krytyki w Europie wywołały także słowa papieża z wywiadu dla szwajcarskiej telewizji w marcu 2024 r. Zasugerował wówczas Ukrainie wywieszenie „białej flagi”, czyli poddanie się. „Silniejszy jest ten, kto widzi sytuację, kto myśli o narodzie, kto ma odwagę białej flagi, by negocjować. Dzisiaj można negocjować przy pomocy potęg międzynarodowych” – powiedział Franciszek.
Poza działaniami dyplomatycznymi papież przez cały czas konfliktu na Ukrainie wspierał duchowo i materialnie mieszkańców bombardowanych miast i uchodźców, wysyłając na miejsce transporty z żywnością i najpotrzebniejszym sprzętem – łącznie 250 tirów. Papieski jałmużnik kard. Konrad Krajewski dziewięć razy był w jego imieniu na Ukrainie.
Pierwszy raz pojechał już na początku marca 2022 r. W 2024 r. udał się do rejonu zborowskiego obwodu tarnopolskiego, aby dostarczyć tamtejszemu szpitalowi centralnemu karetkę pogotowia wyposażoną w mobilne centrum resuscytacji podarowane przez papieża. Po raz ostatni kardynał przebywał w Ukrainie w grudniu 2024 r. i dostarczył wówczas kamper medyczny, który umożliwia przeprowadzanie operacji. Zawiózł też sześć ultrasonografów, które trafiły do zniszczonych i zbombardowanych szpitali.
Jednym z duchowych kroków, które podjął papież, był akt poświęcenia ludzkości, a zwłaszcza Rosji i Ukrainy Niepokalanemu Sercu Maryi, którego dokonał 25 marca 2022 r. w uroczystość Zwiastowania Pańskiego. „Oddanie świata Maryi przez Jana Pawła II przyczyniło się do upadku komunizmu. Ufamy, że także teraz zaowocuje zakończeniem wojny” – powiedział PAP zastępca przewodniczącego Konferencji Episkopatu Ukrainy abp Mieczysław Mokrzycki, metropolita lwowski.
Pacyfistyczne wypowiedzi papieża można rozumieć w kontekście jego nauczania, zwłaszcza wydanej 3 października 2020 r. encykliki „Fratelli Tutti” o braterstwie i przyjaźni społecznej. Zwrócił w niej uwagę, że choć „Katechizm Kościoła Katolickiego mówi o możliwości uprawnionej obrony przy użyciu siły zbrojnej”, to jednak „łatwo jest popaść w zbyt szeroką interpretację tego możliwego prawa”.
„Nie możemy już zatem myśleć o wojnie jako o rozwiązaniu, ponieważ ryzyko prawdopodobnie zawsze przeważy nad przypisywaną jej hipotetyczną użytecznością. W obliczu tej sytuacji bardzo trudno jest dziś utrzymać racjonalne kryteria, które wypracowano w poprzednich wiekach, by mówić o możliwości wojny sprawiedliwej” – napisał Franciszek.
Dzień po podpisaniu przez prezydenta Ukrainy Wołodymyra Zełenskiego ustawy zakazującej działalności organizacji religijnych powiązanych z Rosyjską Cerkwią Prawosławną, (25 sierpnia 2025 r.) papież skrytykował ukraińską ustawę, mimo że jest jedynie zwierzchnikiem Kościoła katolickiego. Prawosławie jest odrębnym wyznaniem pod względem doktrynalnym, kultowym i organizacyjnym. „Nie obala się bezpośrednio lub pośrednio żadnego Kościoła chrześcijańskiego. Kościołów się nie rusza” – powiedział Franciszek podczas spotkania z wiernymi w Watykanie.
Przyznał, że „wzrasta” w nim „obawa o wolność tych, którzy się modlą, bo ten, kto się modli naprawdę, modli się zawsze za wszystkich”. „Jeśli ktoś popełni zło przeciwko swojemu narodowi, będzie winny, ale nie mógł popełnić zła dlatego, że się modlił. A zatem niech pozwoli się modlić osobom w Kościele, który uważają za swój” – zaapelował papież.